El panorama que se presenta tras superar la crisis sanitaria provocada por el coronavirus (o la enfermedad del covid-19) pinta más apocalíptico que otra cosa, sin embargo, eso no impide que surjan iniciativas con el fin de combatirlo, como el Biohackathon organizado por la Comunidad de Debian que se realizará entre los días 5 y 11 de abril de 2020.

Según el anuncio publicado en la lista de correo del conocido proyecto dedicado al software libre, “habrá un Biohackathon virtual (en línea) sobre el covid-19 del 5 al 11 de abril de 2020 y el equipo de Debian Med les invita a ayudar a mejorar el FOSS biomédico y las herramientas y bibliotecas que respaldan esos proyectos”. Sin embargo, “la mayoría de las tareas no requieren de ningún conocimiento sobre biología o medicina y todos los tipos de contribuciones serán bienvenidas: clasificación de errores, pruebas, documentación, integración continua, traducciones, empaques y contribuciones de código.”

En resumidas cuentas, lo que intenta Debian con el Biohackathon es abrir puertas a contribuciones que mejoren los proyectos de software biomédico publicado como FLOSS y las herramientas y bibliotecas en las que se apoyan. Los interesados en participar (obviamente, se requiere saber inglés) pueden reportar errores hallados en los paquetes o bien contribuir directamente en los paquetes upstream, aunque en este último punto se recalca que “muchos paquetes de software biomédico tienen recursos limitados, incluso en comparación con un proyecto FLOSS típico”. A nivel de arquitectura se recomienda poner el foco en AMD64 (x86_64), pero sin descartar ARM64, ppc64el y s390x y deseando además que se vea algo relacionado con riscv64.

A todo lo mencionado hasta aquí se suma el hecho de que “el equipo de Debian Med también está tratando de mejorar la disponibilidad de tuberías/flujos de trabajo biomédicos automatizados utilizando el estándar abierto Common Workflow Language (CWL/Lenguaje de Flujo de Trabajo Común). La implementación de referencia de CWL está escrita en Python y hay muchos problemas abiertos que no requieren de ningún conocimiento sobre biomedicina para resolverlos”. También se llama a responder a las solicitudes de propuestas para evitar el trabajo duplicado.

Veremos qué resultados termina dando este Biohackathon organizado por Debian. Debido a la crisis del coronavirus, en los últimos tiempos están surgiendo muchas iniciativas con la intención de mejorar la calidad de la vida desde distintos frentes, como por ejemplo el Hack Quarantine, que se hizo con el propósito de proporcionar “el conocimiento y las herramientas para capacitar a los hackers para trabajar en la mejora de la salud, el trabajo remoto y ayudar a las poblaciones vulnerables.”

Los detalles sobre el Biohackathon de Debian pueden ser consultados en la lista de correo oficial del proyecto.