En el siguiente artículo vamos a echar un vistazo a PyMol. Python Molecular Graphics es un programa que nos va a permitir manipular y visualizar moléculas, y que podremos instalar en Ubuntu gracias a su paquete Flatpak. Esta es una de las pocas herramientas de visualización de código abierto disponibles para su uso en biología estructural.

En cuanto a la parte Py del nombre de este programa se refiere al hecho de que es extensible gracias al lenguaje de programación Python. Debido a lo cual, puede ser extendido para realizar análisis complejos de estructuras moleculares utilizando bibliotecas disponibles para Python, como son NumPy o pylab.

PyMOL es un visor molecular de código abierto creado por Warren Lyford Delano y comercializado por Delano Scientific LLC, que es una compañía dedicada a la creación de herramientas accesibles universalmente para las comunidades científicas y educacionales. Este programa también es apropiado para producir imágenes 3D de alta calidad de moléculas pequeñas y de macromoléculas biológicas. PyMOL tiene la capacidad de cargar, manipular y visualizar moléculas desde una variedad de formatos y fuentes. El programa se puede controlar fácilmente mediante una GUI basada en menús o desde una gran cantidad de atajos de teclado y / o scripts. Hay disponible un raytracer integrado para generar imágenes de alta calidad para las vistas generadas.

Este es un producto comercial, pero la mayor parte de su código fuente está disponible desde su repositorio en GitHub de forma gratuita bajo una licencia permisiva. Este proyecto es mantenido por Schrödinger y, en última instancia, financiado por todos los que adquieren una licencia de PyMOL.

Características generales de PyMOL

• El programa ofrece calidad en los gráficos. Un trazador de rayos incorporado brinda sombras y profundidad en cualquier escena. También podremos renderizar externamente.
• Crear vídeos puede ser tan simple como cargar varios archivos PDB y presionar reproducir.
• Las imágenes se pueden copiar y pegar directamente en PowerPoint y Keynote. Las imágenes estáticas y las secuencias renderizadas se pueden generar en formato PNG y como vídeos QuickTime.
• Las expresiones lógicas arbitrarias facilitan la visualización y la edición.
• Cuenta con interpretaciones de la superficie buenas, y las superficies de malla también son compatibles.
• Los dibujos animados con PyMOL son fáciles de crear y renderizar.
• El programa nos va a permitir controlarlo desde la línea de comandos y desde GUI.

• Las estructuras se pueden cortar, mutar y reensamblar sobre la marcha y escribir en archivos estándar (PDB, MOL / SDF).
• Esta aplicación se puede instalar para ver, analizar y preparar imágenes gráficas de proteínas y datos estructurales experimentales (por ejemplo, cristalográficos, basados en RMN y microscopía electrónica).
• Una de las mejores formas de controlar PyMOL es a través de scripts reutilizables, que se pueden escribir en el lenguaje de comandos o en Python.
• Código multiplataforma. Cuenta con una única base de código es compatible con Unix, Macintosh y Windows, utilizando OpenGL y Python, además de un pequeño conjunto de dependencias externas de código abierto.
• El desarrollo de la interfaz de usuario se ha centrado principalmente en las capacidades, no en la facilidad de uso para los nuevos usuarios.
• Hay una única interfaz de programación monolítica orientada a comandos.

Estas son solo algunas de las características de este este programa. Se pueden consultar todas ellas en detalle desde la Wiki del proyecto.

Instalar PyMOL en Ubuntu a través de Flatpak

Este programa lo podemos encontrar disponible en Flathub. Para instalar Python Molecular Graphics en Ubuntu a través de Flatpak, es necesario tener habilitada esta tecnología en nuestro equipo. Si utilizas Ubuntu 20.04 y no cuentas con ella, puedes seguir la guía que escribió un compañero en este blog al respecto.

Cuando ya puedas instalar este tipo de paquetes en tu equipo, tan solo es necesario abrir una terminal (Ctrl+Alt+T) y utilizar en ella el siguiente comando para instalar el programa a través de Flatpak:

flatpak install --user https://flathub.org/repo/appstream/org.pymol.PyMOL.flatpakref

En caso que necesites actualizar el programa, cuando haya una nueva versión disponible, en una terminal solo es necesario ejecutar el comando:

flatpak --user update org.pymol.PyMOL

Tras la instalación, podemos iniciar el programa desde el menú Aplicaciones o cualquier otro lanzador de aplicaciones que tengamos disponible. Además podemos ejecutar en la terminal (Ctrl+Alt+T) el comando:

flatpak run org.pymol.PyMOL

Desinstalar

En caso de que quieras desinstalar Python Molecular Graphics de tu equipo, tan solo necesitarás abrir una terminal (Ctrl+Alt+T) y ejecutar en ella:

flatpak uninstall org.pymol.PyMOL

PyMOL es un visor y renderizador molecular capaz. Se puede utilizar para preparar cifras con calidad de publicación, para compartir resultados interactivos o para generar animaciones pre-renderizadas. Hoy en día, muchos científicos de todo utilizan habitualmente PyMOL para estas tareas. Los usuarios que quieran saber más sobre este programa o sobre su funcionamiento, pueden dirigirse a la página web o a la Wiki del proyecto.